สํานักวิจัยและพัฒนาได้รับจัดตั้งเป็นหน่วยงานตามประกาศพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย สงขลานครินทร์ เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม 2529 ให้เป็นหน่วยงานกลางของมหาวิทยาลัย ทําหน้าที่กําหนดแนวทาง วางแผน ขับเคลื่อน และสนับสนุนภารกิจด้านการวิจัยของมหาวิทยาลัยโดยมุ่งการวิจัยสหสาขาวิชาในลักษณะที่เป็นการผนึกกําลังคน และ กําลังทรัพยากรร่วมกับทุกคณะหน่วยงานทั้งภายในและภายนอก และนําผลการวิจัยไปใช้ประโยชน์เพื่อสนับสนุนการพัฒนา ภาคใต้และสอดคล้องกับการพัฒนาประเทศ   27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2562 ประกาศมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เรื่อง การกำหนดวิทยาเขต และการจัดตั้งส่วนงานของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้กำหนดให้สำนักวิจัยและพัฒนาเป็นส่วนงานประเภทอำนวยการและสนับสนุนภารกิจกลางของมหาวิทยาลัย มีภาระหน้าที่ในการบริหารจัดการเพื่อสร้างศักยภาพงานวิจัยและนวัตกรรม กำกับทิศทางและยุทธศาสตร์การวิจัยของมหาวิทยาลัยที่สอดคคล้องกับนโยบายการวิจัยและการพัฒนาประเทศหรือภารกิจอื่นตามที่มหาวิทยาลัยมอบหมาย มีการแบ่งโครงสร้างและส่วนงานภายในออกเป็น 5 ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายนโยบายและยุทธศาสตร์การวิจัย ฝ่ายบริหารจัดการทุนวิจัย ฝ่ายข้อมูลและสารสนเทศวิจัย ฝ่ายพันธกิจวิจัยเพื่อสังคม และฝ่ายบูรณภาพการวิจัย นอกจากนี้ ยังมีสถาบันวิจัยและนวัตกรรมรวม 7 สถาบัน เป็นหน่วยงานภายได้การกำกับดูแลของอีกสำนักฯ ด้วย