สํานักวิจัยและพัฒนาได้รับจัดตั้งเป็นหน่วยงานตามประกาศพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย สงขลานครินทร์ เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม 2529 ให้เป็นหน่วยงานกลางของมหาวิทยาลัย ทําหน้าที่กําหนดแนวทาง วางแผน ขับเคลื่อน และสนับสนุนภารกิจด้านการวิจัยของมหาวิทยาลัยโดยมุ่งการวิจัยสหสาขาวิชาในลักษณะที่เป็นการผนึกกําลังคน และ กําลังทรัพยากรร่วมกับทุกคณะหน่วยงานทั้งภายในและภายนอก และนําผลการวิจัยไปใช้ประโยชน์เพื่อสนับสนุนการพัฒนา ภาคใต้และสอดคล้องกับการพัฒนาประเทศ จนกระทั่งปี 2547 ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างระบบบริหารงานวิจัยของ มหาวิทยาลัยทั้งระบบ โดยมีสํานักวิจัยและพัฒนาเป็นหน่วยสนับสนุนปฏิบัติการหลักด้านการวิจัย จึงได้มีการรวมเนื้องานและ บุคลากรจากงานส่งเสริมการวิจัยและตํารา กองบริการการศึกษา เข้ากับสํานักวิจัยและพัฒนา และมีการโอนงานที่มีลักษณะ เป็นงานบริการวิชาการออกไปสังกัดหน่วยงานอื่น แล้วบูรณาการงานใหม่ออกเป็น 5 ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายนโยบายและยุทธศาสตร์การวิจัย ฝ่ายบริหารจัดการทุนวิจัย ฝ่ายข้อมูลและสารสนเทศวิจัย ฝ่ายพันธกิจวิจัยเพื่อสังคม และฝ่ายบูรณภาพการวิจัย