สํานักวิจัยและพัฒนาได้รับจัดตั้งเป็นหน่วยงานตามประกาศพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย สงขลานครินทร์ เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม 2529 ให้เป็นหน่วยงานกลางของมหาวิทยาลัย ทําหน้าที่กําหนดแนวทาง วางแผน ขับเคลื่อน และสนับสนุนภารกิจด้านการวิจัยของมหาวิทยาลัยโดยมุ่งการวิจัยสหสาขาวิชาในลักษณะที่เป็นการผนึกกําลังคน และ กําลังทรัพยากรร่วมกับทุกคณะหน่วยงานทั้งภายในและภายนอก และนําผลการวิจัยไปใช้ประโยชน์เพื่อสนับสนุนการพัฒนา ภาคใต้และสอดคล้องกับการพัฒนาประเทศ   พฤศจิกายน พ.ศ. 2562  ประกาศมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้กําหนดให้สํานักวิจัยและพัฒนาเป็นส่วนงานประเภท อํานวยการและสนับสนุนภารกิจกลางของมหาวิทยาลัย มีภาระหน้าที่ในการบริหารจัดการเพื่อสร้างศักยภาพงานวิจัยและนวัตกรรม กํากับทิศทางและยุทธศาสตร์การวิจัยของมหาวิทยาลัยที่สอดคล้องกับนโยบายการวิจัยและการพัฒนาประเทศ หรือภารกิจอื่นตามที่มหาวิทยาลัยมอบหมาย มีการแบ่งโครงสร้างและส่วนงานภายในออกเป็น 5 ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายนโยบายและยุทธศาสตร์การวิจัย ฝ่ายบริหารจัดการทุนวิจัย ฝ่ายข้อมูลและสารสนเทศวิจัย ฝ่ายพันธกิจวิจัยเพื่อสังคม และฝ่ายบูรณภาพการวิจัย นอกจากนี้ ยังมีสถาบันวิจัยและนวัตกรรมรวม 7 สถาบัน เป็นหน่วยงานภายใต้การกํากับดูแลของสํานักฯ